Sãi vương Nguyễn Phúc Nguyên qua đời ngày 19 tháng 11 năm 1635, hưởng thọ 73 tuổi. Thế tử Nhân Lộc hầu Nguyễn Phúc Lan lên kế nghiệp, tức Thượng vương. Đình thần dâng Phúc Nguyên thụy hiệu là Đại đô thống trấn Nam phương Tổng quốc chính Dực Thiện Tuy Du Thụy Dương vương. Ban đầu an táng tại Sơn Phận, huyện Quảng Điền; sau cải táng về vùng núi Hải Cát, Hương Trà, Thừa Thiên. Tên lăng là Trường Diễn. Đến thời chúa Nguyễn Phúc Khoát, Phúc Nguyên được truy tôn là Tuyên tổ Hiển Mô Quang Liệt Ôn Cung Minh Duệ Dực Thiện Tuy Du Hiếu Văn vương. Sau này, vua Gia Long truy tặng Phúc Nguyên miếu hiệu Hy Tông, thụy hiệu Hiển Mô Quang Liệt Ôn Cung Minh Duệ Dực Thiện Tuy Du Hiếu Văn Hoàng đế.[36]